À quoi servent ces boulons ?

oui, il y avait probablement une plaque, ou d'obturation totale, ou partielle découpée à la forme de l'embase moteur ...

Le moteur est positionné sur une plaque de bois qui est glissée dans les encoches latérales et serrée contre la face verticale avec les grands boulons. Sur les photos, elle est déposée pour refaire la résine du puits et pour la repeindre.

J'avais bien pensé à une éventuelle fermeture mais la longueur des boulons est beaucoup trop courte.

Que me suggérez vous pour ne plus avoir d'eau stagnante ?
Remplir et faire une pente ou éventuellement faire une évacuation en donnant un coup de râpe ou dremel et en finissant avec de la résine chargée et du gelcoat.